Den samlede mængde regn i hele Amazonas er 11.870.000.000.000 m3 om året. Det er 48.000 gange så meget som den danske befolknings årlige ferskvandsforbrug. Omkring halvdelen drænes af Amazonfloden og løber ud i Atlanterhavet. Inden regnvandet ender i floden, passerer det gennem jorden eller over jordoverfladen. Denne proces er vigtig, da den afgør den kemiske komposition af flodvandet. Vandet bringer forskellige mængder mineraler, næringsstoffer og jordpartikler med sig fra jorden alt afhængigt af, hvilken jordtype vandet passerer igennem.
Det er som tidligere nævnt langs bjergene, der falder mest regn. Andesbjergene er dannet i mesozoikum (252 - 65 millioner år siden) og er derfor en ret ung bjergkæde. Det betyder, at der stadig er mange mineraler, der udvaskes af bjergene. Det vand, der kommer ned fra Andesbjergene, er derfor meget næringsrigt, hvorimod det vand, der kommer fra de ældre bjerge i Nord- og Sydamazonas, er næringsfattigt.
Jordbundstype og vegetation er de hovedfaktorer, der afgør vandets farve. De forskellige dele af floden har derfor forskelligt indhold af mineraler, næringsstoffer og jord, hvilket giver vandet dets farve. I Amazonfloden skelner man mellem tre farver vand: hvidt vand, klart vand (også kaldet grønt vand) og sort vand.
Man kalder vandet hvidt, hvis det er mudret og lys brunt. Farven skyldes, at der er meget silt og mange mineraler opløst i vandet. Denne type vand findes ofte i områder med høj erosion som nyfældede skovområder og langs Andesbjergene.
Sortvands-floder er mørkebrune eller røde. Vandet kommer oftest fra skoven selv, og farven skyldes, at der er en høj koncentration af organisk materiale som blade i forrådnelse. Hvis jordbunden i området for eksempel indeholder meget sand, skylles det organiske materiale ud i floden. Organiske partikler er nemlig ikke særligt godt bundet i sand og udvaskes nemt ved et regnskyl.
Klart vand er oftest grønligt og indeholder flere mineraler og mindre organisk materiale end sort vand. Denne type vand findes ofte i områder med begrænset erosion, som det er tilfældet i de ældre bjerge i Nord- og Sydamazonas.
Floderne har ofte forskellig farve afhængigt af årstiden. I starten af regntiden skylles der mere organisk materiale ud i floderne, hvilket kan ændre klart vand til sort vand. Sortvands-floderne er oftest mørkest i starten af regntiden, hvor alt det organiske materiale, der er dannet siden sidste regntid, skylles ud i floderne.
Når regnskoven fældes, skylles store mængder jord ud i floden. Når store mængder jordpartikler skylles ud i Atlanterhavet via floden, kan det få betydning for koralrevene. Jordpartiklerne dækker korallerne til og skygger derfor for solen. I værste tilfælde dør korallerne.